En las primeras etapas de la Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, (1938-1940), las investigaciones en el área de la botánica fueron sólo contribuciones aisladas que con frecuencia no se hacían en los laboratorios de la institución. Se considera que las investigaciones en botánica, exceptuando las del Dr. Castañeda, se inician hasta que se contó con investigadores forjados casi en forma autodidacta, entre los que destacan Gastón Guzmán Huerta, Jerzy Rzedowski y Laura Huerta Múzquis. Hacia 1956, Gastón Guzmán en su calidad de ayudante del Laboratorio de Botánica inicia la sección de hongos del Herbario de la ENCB, tropezando con un total desconocimiento de la flora de México. Durante más de 30 años de labor en la Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, el Dr. Guzmán logró dotar a la institución de la colección de hongos más importante de México, así como más de 100 publicaciones realizadas por él y sus colaboradores.

Para 1960, el Laboratorio de Botánica pasa a la categoría de Departamento, y en 1961 cuenta con 4 laboratorios a mencionar: Genética, Micología, Ficología y Botánica Fanerogámica. El primero, años después, pasa a formar parte del Departamento de Zoología de la misma escuela.

En el año de 1964, se creó el Departamento de Botánica una sección dedicada a estudios de Fisiología Vegetal a cargo de la Profesora María Teresa García Castañeda. Actualmente es uno de los laboratorios más grandes del Departamento de Botánica que cuenta con 10 investigadores y cuyas principales líneas de investigación son los estudios quimiotaxonómicos, fisiología de cianobacterias y microalgas; relaciones planta-microorganismo y cultivo de tejidos vegetales.

A partir de 1970 se inicia la construcción del edificio de Botánica, pero fue hasta los años 1971-1972 que se termina para ser compartido en un 50% con el Departamento de Zoología de la misma escuela. En este edificio el Herbario cuenta para esa fecha con un mayor espacio físico, el cual ha resultado insuficiente al paso de los años, debido al incremento de las colecciones.

En 1973, se incorpora María Villegas y de Gante como Jefe de la Sección de Botánica Económica, dependiente del Laboratorio de Botánica Fanerogámica, con el objeto de estudiar especies arvenses y otras de importancia económica; en 1975 realiza las primeras colectas de este tipo de plantas en la Cuenca de México con apoyo de CONACyT. A partir de 1982, esta sección se separa del laboratorio del que dependía para formar el Laboratorio de Etnobotánica con apoyo de la Dirección de Estudios de Postgrado e Investigación del IPN.

En ese mismo año, se dio origen a dos laboratorios más, uno es el de Ecología Vegetal, que se inicia con 3 investigadores, siendo el jefe de éste el M.C. Roberto Cruz Cisneros. El otro es el de Palinología, que al igual que los dos anteriores, dependía del Laboratorio de Botánica Fanerogámica, su fundador es el Dr. Rodolfo Palacios Chávez.

En 1976, se incorpora al Departamento de Botánica la Biól. Alicia Carvajal Sandoval, fundando la sección de Anatomía Vegetal dependiente del Laboratorio de Botánica Fanerogámica.

ACTUALMENTE CUENTA CON LOS LABORATORIOS DE: